本站原创“否定说”的理由，主要有两条：第一，村民委员会仅仅是基层群众性自治组织，既不是法人也不是其他组织，不是合格的民事法律关系主体；第二，《房屋登记办法》只对农村集体经济组织申请房屋权属登记作出了规定，通篇未提及村民委员会。
《担保法》第7条规定，具有代为清偿债务能力的法人、其他组织或者公民，可以作保证人。按照《中华人民共和国担保法》的规定，担保法律关系的民事主体为公民、法人或者其他组织。
《民事诉讼法》第49条规定，公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人。按照《民事诉讼法》的规定，参加民事诉讼法律关系的民事主体为公民、法人或者其他组织。“否定说”依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第40条规定，认为村民委员会不属于该条规定的领取营业执照的企业、合伙组织、法人分支机构，不属于银行或者保险公司的分支机构，不属于经民政部门核准登记领取社会团体登记证的社会团体，因此不属于其他组织，进而不属于民事法律关系主体，不能作为房屋权属登记的申请人，不能申请登记为房屋所有权人。村民委员会的设立、变更、撤销，不同于合伙组织、企业、公司和社会团体，不需要领取营业执照，不需要经民政部门核准登记。《村民委员会组织法》第3条第2款规定，村民委员会的设立、撤销、范围调整，由乡、民族乡、镇的人民政府提出，经村民会议讨论同意，报县级人民政府批准。因此，“否定说”不能因上述原因而拒绝承认村民委员会属于民事法律关系主体的其他组织。
推而广之，符合《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第40条第9项规定的合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的居民委员会、业主委员会，也可以成为民事法律关系主体的其他组织。
《民法通则》第37条规定，依法成立，有必要的财产或者经费，有自己的名称、组织机构和场所，能够独立承担民事责任的组织即为法人。可以断言，随着改革开放的深入，政治昌明、经济发达地区的村民委员会甚至可以成为该规定的法人。
从以下规定中可以看出，村民委员会作为民事法律关系主体，广泛享有民事权利，承担民事义务。
《成都市集体建设用地使用权流转管理办法（试行）》第5条规定，“农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会代表集体行使所有权”。
民政部《婚姻登记工作暂行规范》第57条第3款规定，“婚姻登记档案遗失的，当事人应当提交能够证明其婚姻状况的证明。户口本上夫妻关系的记载，单位、村（居）民委员会或者近亲属出具的写明申请人婚姻状况的证明可以作为申请人婚姻状况证明使用”。
国土资源部、农村工作领导小组办公室、财政部、农业部《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》（下称《意见》）第4条规定源于：期刊论文www.808so.com
，“属于村民小组集体所有的土地应当由其集体经济组织或村民小组依法申请登记并持有土地权利证书。对于村民小组组织机构不健全的，可以由村民委员会代为申请登记、保管土地权利证书”。该《意见》第5条规定，“属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会受本农民集体成员的委托行使所有权”。
国务院《村庄和集镇规划建设管理条例》第18条规定，“农村村民在村庄，集镇规划区内建住宅的，应当先向村集体经济组织或者村民委员会提出建房申请，经村民会议讨论通过后，按照下列审批程序”。
《最高人民法院答复河北省高级人民法院〈关于村民小组诉讼权利如何行使的几个问题的请示报告〉》（[2006]民立他字第23号）批示，“遵化市小厂乡头道城村第三村民小组（以下简称第三村民小组）可以作为民事诉讼当事人。以第三村民小组为当事人的诉讼应以小组长作为主要负责人提起”。
《土地管理法》第10条规定，“农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理”。该法第57条规定，“土地使用者应当根据土地权属，与有关土地行政主管部门或者农村集体经济组织、村民委员会签订临时使用土地合同，并按照合同的约定支付临时使用土地补偿费”。
《物权法》第59条第1款规定，“农民集体所有的不动产和动产，属于本集体成员集体所有”。该法第60条规定，“对于集体所有的土地和森林、山岭、草原、荒地、滩涂等，依照下列规定行使所有权：（一）属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会代表集体行使所有权；（二）分别属于村内两个以上农民集体所有的，由村内各该集体经济组织或者村民小组代表集体行使所有权；
(三)属于乡镇农民集体所有的，由乡镇集体经济组织代表集体行使所有权”。
按照《最高人民法院答复河北省高级人民法院〈关于村民小组诉讼权利如何行使的几个问题的请示报告〉》和《物权法》第60条第2项的规定，村民小组都可以作为民事法律关系主体的其他组织，村民委员会作为民事法律关系主体的其他组织，就更毋庸置疑了。虽然《物权法》第60条第1项，将村集体经济组织或者村民委员都作为代表“村农民集体”行使“村农民集体所有”房屋所有权的组织；该法第60条第2项，将村内各该集体经济组织或者村民小组都作为代表“村内两个以上农民集体”行使“村内两个以上农民集体所有”房屋所有权的组织，但《房屋登记办法》第83条第3款、第84条、第86条第3款仅对农村集体经济组织申请房屋权属登记作出规定，未对村民委员会申请房屋权属登记作出规定，作为下位法的《房屋登记办法》，并未与作为上位法的《物权法》相匹配。
按照《物权法》第60条的规定，集体经济组织也不是“村农民集体所有”房屋的所有权人，集体经济组织和村民委员会一样，仅仅是代表“村农民集体”行使“村农民集体所有”房屋所有权的组织。既然《房屋登记办法》允许集体经济组织申请房屋权属登记，登记为房屋所有权人，同理，《房屋登记办法》也应当允许村民委员会申请房屋权属登记，登记为房屋所有权人。
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